加藤清正の嫡男忠正（ただまさ）の菩提所として、慶長13年(1608)泉福山（せんぷくざん）本成寺として建立されました。
その後、寛永11年(1634)本成寺は八代城下に移転したため、草庵（そうあん）をその跡に建て、墓守りを置き、本町本成寺から50年の間供養を続けました。
本成寺移転47年目にあたり、延宝8年(1680)に当時の八代城主松井直之の斡旋で、藩主細川綱利（つなとし）は宗覚寺住職として本山の日竜を据え、天和3年(1683)本堂が創建されました。
寺号は忠正の法名「理性院殿宗覚日等居士」によって宗覚寺としたものです。
当時の本堂と庫裏は、明治10年(1877)西南戦争で薩摩軍の本部が置かれたため、兵火で全焼しました。その後本堂と庫裏は明治18年頃再建され、さらに今の庫裏は昭和60年に新築されたものです。
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